关于使用嘌呤霉素筛选标记（puromycin resistance marker）的慢病毒（lentivirus）或逆转录病毒（retrovirus）进行病毒滴定（virus titration）的 protocol，确实有不少不同的做法，这是因为不同实验室根据自己的系统和需求进行了优化。但是，有一些权威且广泛应用的标准流程可以作为通用参考，下面是整理的一个 …
阅读更多 »在用 qPCR验证shRNA敲除效率 时，引物设计是非常关键的一步。你提到要“设计在靶标附近”，这个思路是对的，但还需要进一步明确几个关键点。 理解shRNA的作用机制： shRNA经过加工后变成siRNA，通过RNA干扰机制（RNAi），引导RISC复合体结合并切割目标mRNA。 切割点通常位于shRNA的互补区域中间（即靶序列中心）。 qPCR引物设计的 …
阅读更多 »测序正确是一个重要的验证步骤，但它不能完全说明shRNA构建没有问题。下面我会具体说明为什么。 测序正确说明了什么？ shRNA序列（包括发夹结构、目标序列）与设计一致： 如果你对构建后的质粒进行了Sanger测序，序列结果和你设计的shRNA完全一致，这说明你的克隆步骤（连接、转化等）是成功的。这意味着你至少在DNA水平上构建了正确的序列结构。 但这并不代 …
阅读更多 »这是一个很重要也很实际的问题——瞬时转染效率是RNA干扰或质粒表达实验中一个关键变量，但很多人低估了它对结果的影响。 问题核心： 你说得非常对： “荧光镜下看感觉无法量化和保证每个组别的转染效率完全一致。” 用荧光镜看确实是定性评估，不够准确，且不同组别（尤其不同处理条件）可能转染效率不同，导致后续敲低效率、蛋白表达等结果不具可比性。 几种常见的转染效率评估 …
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