英格恩生物技术博客 生物实验干货分享
Rosetta模型是一套用于蛋白质结构预测、分子对接和设计的计算工具集，由2024年诺贝尔化学奖得主，华盛顿大学David Baker教授的实验室开发。Rosetta最初被设计用于蛋白质结构预测，但如今已发展成一套多功能的平台，被广泛应用于蛋白质折叠、蛋白质-蛋白质和蛋白质-小分子相互作用、以及新蛋白质设计等领域。 Rosetta模型的核心功能 1.蛋白质 …
阅读更多 »碱变性法提取质粒DNA
质粒DNA提取的方法很多，有碱变性法、羟基磷灰石柱层析法、溴化乙锭 – 氯化铯梯度超离心法等。本次实验是一种小量快速提取法。小量快速提取法也有多种，但基本原理和步骤是一致的．包括以下步骤：(1)裂解菌体细胞；(2)质粒和染色体DNA的分离；(3)除去蛋白质。RNA及其他影响限制性酶活性的细胞成分；(4)除去提取过程中使用的去垢剂、盐等。 一、原理 …
阅读更多 »采用dsRNA 浸泡果蝇S2 细胞进行RNA 干扰
该方案是一种通过用含有dsRNA 的培养液浸泡果蝇S2 细胞来诱导RNA 干扰的简便方法。与转染方法相比，浸泡操作需要的步骤更少，因此可用于高通量的RNA 干扰筛选。而且， 浸泡避免了转染试剂可能带来的毒性，但是，通过浸泡向果蝇S2 细胞转运dsRNA 的效率与转染方法相比较低。对于通过浸泡dsRNA 难以抑制其表达的基因，可以通过多次转染dsRNA 获得抑 …
阅读更多 »如何提高qPCR反应的灵敏度与特异性？
1. 首先确定模板RNA完整性好，无DNA污染。 2. RNA模板中不应含有扩增反应抑制剂。 3. 为了防止模板降解，在反应体系中加入RNase抑制剂RNasin。 4. 使用适量的模板RNA，模板量太多会降低特异性，太少会导致扩增不出条带或条带太弱。 5. 若模板中有二级结构，可通过提高逆转录反应温度来提高扩增效果。 6. 设计引物时，避免在引物3’端含有 …
阅读更多 »移液过程中的无菌操作
使用可重复使用的玻璃移液管 可重复使用的移液管通常放置在金属桶中。要用于细胞或细菌实验，移液管必须用棉花塞住。 将小桶的盖子拧松（用左手的最后两个手指打开和夹住。） 左手拿住小桶，右手卸掉盖子。 用火烧一下盖子和小桶的开口处，把盖子放在小桶的旁边。 左手水平拿好小桶，轻轻摇动， 使一两根移液管的头部露出一点，方便抓取。 取出一根移液管，把小桶放好。拿出移液管 …
阅读更多 »利用CRISPR精确编辑过敏原基因
过敏性疾病是一个持续存在的临床挑战，治疗选择有限。因此，找到一种治疗过敏原的方法、改善过敏性疾病的技术尤为重要。 2022年1月17日，美国INDOOR生物技术公司的研究团队在《Frontiersin Allergy》杂志上发表了一篇题为 New Frontiers: Precise Editing ofAllergen Genes Using CRISPR …
阅读更多 »常用的蛋白水解酶抑制剂
当细胞被裂解，内容物释放时，蛋白水解酶和其他一些降解的酶也一同被释放，这时候需要在裂解的缓冲液中加入蛋白水解酶。PS: 细胞自己的蛋白水解酶也会降解细胞内的蛋白质。 抑制剂 靶向的蛋白酶 有效浓度 储存浓度 其他 抑蛋白酶肽 丝氨酸蛋白水解酶 0.1-2ug/ml 10mg/ml溶解在PBS中 避免反复冻融 EDTA 金属蛋白水解酶 0.5-2mmol/L …
阅读更多 »抗体标记的步骤
下列步骤描述了使用Cy3作为代表性标记试剂， 用荧光succinimidy l 活性酶标记羊抗体。其他水溶性荧光标记物的使用与此类似(Mujumdar et al. 1993) 抗体分离与纯化 来源于血清，腹水或培养基的抗体，在标记反应开始以前，需纯化以除去蛋白质和其他含有氨基团的分子。在与标记反应混合以前，抗体不应进行强缓冲处理，不然标记混合物会降低，所有 …
阅读更多 »RNA提取的注意事项
RNA 降解是非常严重的问题，在RNA提取过程中，为防止降解我们需要遵守以下4点基本规则：基本规则1. 把所有接触RNA 的塑料制品以及玻璃制品都高压灭菌。 2. 用于RNA 缓冲液的所有水都要经DEPC 处理。加DEPC 到终浓度0.1% ，再室温放放置过夜，或者灭菌15 min 。DEPC 不能用于Tris 缓冲液，因为DEPC 将会降解成乙醇和二氧化碳 …
阅读更多 »siRNA表达载体的构建成功要点
对每个基因设计并检测两到四个siRNA序列 为了找到潜在靶位点，扫描靶基因中的AA序列。记录每个AA 3’端19个核苷酸作为潜在siRNA靶位点。潜在靶位点需通过GENBANK数据库的BLAST分析，去除那些与其它基因明显同源的靶位点。如果可能，siRNA应根据mRNA低二级结构的区域设计。 选择低GC含量的siRNA 纯化体外转录siRNA 在转染前要确认 …
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