对每个基因设计并检测两到四个siRNA序列 为了找到潜在靶位点,扫描靶基因中的AA序列。记录每个AA 3’端19个核苷酸作为潜在siRNA靶位点。潜在靶位点需通过GENBANK数据库的BLAST分析,去除那些与其它基因明显同源的靶位点。如果可能,siRNA应根据mRNA低二级结构的区域设计。 选择低GC含量的siRNA 纯化体外转录siRNA 在转染前要确认 …
阅读更多 »电转染实验过程中易出现的问题
不合适的电场强度 合适的电场强度对于电转染实验非常重要,电场强度不能过高,过高会增加细胞的死亡率;也不能过低,过低不能增加膜的通透性或在膜上形成小孔。不同细胞系具有不同的最佳场强值,实验前应测定所转染细胞系的最佳电场强度。 细胞选择错误 用于电转的细胞一般选取处于对数生长期的细胞(15代以内,传代后2d)。因为处于对数生长期的细胞分裂旺盛,表面结构致密比稳定 …
阅读更多 »测序正确是不是说明shRNA构建没有问题
测序正确是一个重要的验证步骤,但它不能完全说明shRNA构建没有问题。下面我会具体说明为什么。 测序正确说明了什么? shRNA序列(包括发夹结构、目标序列)与设计一致: 如果你对构建后的质粒进行了Sanger测序,序列结果和你设计的shRNA完全一致,这说明你的克隆步骤(连接、转化等)是成功的。这意味着你至少在DNA水平上构建了正确的序列结构。 但这并不代 …
阅读更多 »如何做好DNA转染实验?
我认为,要想做好质粒DNA细胞转染实验,应注意以下几点: 1, 质粒的大小和质量 线性化还是超螺旋会影响转染结果:超螺旋质粒的转染效率比线性DNA高得多,特别是瞬时转染。而线性化DNA转染的整合几率高。质粒太大了转染会困难一些。毕竟,相对致密、较小的外源异物被细胞内吞的几率要大一些。如果你的质粒正好比较大,又没有经验,选择特别注明可以转大质粒的转染试剂成功几 …
阅读更多 »RNA转染注意事项
为保证RNA转染的高效率,在转染过程中应注意: 1.纯化RNA 在转染前要确认RNA的大小和纯度。为得到高纯度的RNA,推荐用玻璃纤维结合,洗脱或通过15-20%丙烯酰胺胶除去反应中多余的核苷酸,小的寡核苷酸,蛋白和盐离子。注意:化学合成的RNA通常需要跑胶电泳纯化(即PAGE胶纯化)。 2.避免RNA酶污染 微量的RNA酶将导致RNA实验失败。由于实验环境 …
阅读更多 »慢病毒感染后72小时,效率低,细胞已经长满,有什么办法补救?
在慢病毒感染后72小时感染效率较低、细胞已经长满的情况下,可以尝试以下几个措施来提高感染效率并优化实验条件: 细胞传代或重新播种:如果细胞已经长满(汇合度较高),可能会影响慢病毒的感染效率。可以将细胞进行传代,重新播种在新的培养板上,使其达到较低的汇合度(例如30-50%),然后再进行感染。 优化感染时的MOI(Multiplicity of Infecti …
阅读更多 »怎样提高悬浮细胞的siRNA转染效率?
悬浮细胞是指细胞生长不依赖支持物表面,在培养液中呈悬浮状态生长,如淋巴细胞。在实验室经常会遇到悬浮细胞的转染,其和贴壁细胞转染还是有很大不同的。 目前大多数实验室用的是脂质体类的转染试剂,脂质体转染是基于电荷吸引原理,先形成 …
阅读更多 »慢病毒感染后,细胞不生长怎么办
慢病毒感染后,细胞不生长可能有多种原因。以下是一些常见的原因和解决方法: 病毒滴度过高: 原因:高滴度的慢病毒可能导致细胞毒性,使细胞无法正常生长。 解决方法:降低病毒的滴度,进行一系列稀释实验,找到一个既能有效转染又不影响细胞生长的滴度。 细胞状态不佳: 原因:感染前细胞的健康状态可能影响感染后的生长。 解决方法:确保细胞在最佳状态下进行感染,例如在感染前 …
阅读更多 »慢病毒感染后,细胞不生长原因?
慢病毒感染后,细胞不生长可能有多种原因。 以下是一些常见的原因和解决方法: 1) 病毒滴度过高: 原因:高滴度的慢病毒可能导致细胞毒性,使细胞无法正常生长。 解决方法:降低病毒的滴度,进行一系列稀释实验,找到一个既能有效转染又不影响细胞生长的滴度。 2) 细胞状态不佳: 原因:感染前细胞的健康状态可能影响感染后的生长。 解决方法:确保细胞在最佳状态下进行感染 …
阅读更多 »藻类细胞电转和动物细胞电转用的仪器有区别吗
是的,藻类细胞和动物细胞电转所用的仪器通常有一些区别。具体来说,电转仪器的选择和设置参数会因细胞类型的不同而有所不同,以下是一些主要的差异: 1. 电转仪器的类型 藻类细胞通常会选择高压短时脉冲电转仪,因为藻类细胞多有细胞壁,且结构较坚硬,需要较高的电压来突破细胞壁,使 DNA 进入细胞。 动物细胞(尤其是哺乳动物细胞)一般选择低压长时脉冲电转仪,因动物细胞 …
阅读更多 »
英格恩生物技术博客 生物实验干货分享