英格恩生物技术博客 生物实验干货分享
shRNA转染后，进行RT-PCR的最佳时间取决于多种因素，包括细胞类型、转染效率、shRNA的表达和目标基因的降解速度。一般来说，在转染后的24到72小时内进行RT-PCR是比较常见的时间点。具体来说： 24小时后：在这个时间点，可以开始检测到shRNA的表达以及目标基因的初步下调情况。对于一些高效的shRNA，这个时间点可能已经有显著的基因沉默效果。 4 …
阅读更多 »2024诺贝尔化学奖得主David Baker和他的Rosetta模型
Rosetta模型是一套用于蛋白质结构预测、分子对接和设计的计算工具集，由2024年诺贝尔化学奖得主，华盛顿大学David Baker教授的实验室开发。Rosetta最初被设计用于蛋白质结构预测，但如今已发展成一套多功能的平台，被广泛应用于蛋白质折叠、蛋白质-蛋白质和蛋白质-小分子相互作用、以及新蛋白质设计等领域。 Rosetta模型的核心功能 1.蛋白质 …
阅读更多 »如何将胶内物质转移到膜上？
凝胶是厚而易碎的基质，这使得操作与温浴都很困难。如果要对胶内的内容物进行杂交，必须将内容物从凝胶引导到硝酸纤维素膜或者尼龙膜上。这一过程称为转移。 转移之后，滤膜与一个探针温浴，观察探针是否能与滤膜上的分子杂交。探针由放射性元素或者其他指示剂标记，所以可以被检测。滤膜与探针的杂交称为印迹。 第一次使用印迹技术是由Southern 描述的， 因此， 这种印迹被 …
阅读更多 »从革兰氏阴性菌（如E.coli）中分离DNA
从细菌中分离DNA 需要依赖SDS 和蛋白酶K 以裂解细胞。高分子质量的DNA 需要剪切（以减少它的黏性，更适合操作），用酚和氯仿提取，再用异丙醇提纯。该方案可以分离到长度为3 0 ~ 80kb 的DNA 。 试剂 乙酸铣( 5mol/L ） 细菌培养基(≥l.5mL) 培养基需要在剧烈振荡中过夜。 氯仿 乙醇(70%, 95%) 异丙醇 氯化钠( 5mol …
阅读更多 »DNA 的 PCR 扩增
一、 PCR反应体系的组成 1.PCR扩增缓冲液： 50mM KCl10mM Tris HCl( pH8.0)1.5mM MgCl2 2.寡核苷酸引物：是按已知待扩增的DNA 片段序列进行设计，用 DNA合成仪合成。引物序列应位于DNA片段的保守区，两条引物间应注意不要有 …
阅读更多 »怎样做好荧光原位杂交实验（FISH）？
实验方法及步骤 探针变性 将探针在75℃恒温水浴中温育5 min，立即置0℃，5～10 min，使双链DNA探针变性。 标本变性 将制备好的染色体玻片标本于50℃培养箱中烤片2～3 h。（经Giemsa染色的标本需预先在固定液中退色后再烤片）。 取出玻片标本，将其浸在70～75℃的体积分数70% 甲酰胺/2×SSC的变性液中变性2～3 min。 立即按顺序将 …
阅读更多 »14-3-3蛋白家族与精神分裂症
精神分裂症是一种使人衰弱的精神障碍，影响着世界上大约1%的人口，但人们对这种疾病并不是十分了解。精神分裂症的遗传学是非常异质的，因此很难确定可能导致这种疾病的具体改变。然而，越来越多来自人类研究的证据表明，14-3-3家族的改变与精神分裂症之间存在联系。 2022年3月14日，发表于Frontuers in Molecular Neuroscience 的一 …
阅读更多 »cDNA文库构建分为哪些阶段？
cDNA文库不同于基因组文库，被克隆DNA是从mRNA反转录来源的DNA。cDNA组成特点是其中不含有内含子和其他调控序列。从而做cDNA克隆时应是先从获得mRNA开始，在此基础上，通过反转录酶作用产生一条与mRNA相互补的DNA链，然后除掉mRNA，以第一条DNA链为模板复制出第二条DNA链（双链）；再进一步把此双链插入原核或真核载体。 cDNA文库的构建 …
阅读更多 »蛋白质的长期保存——以冻干固体的形式保存
一种按适当配方制造的冻干蛋白质制剂能够在几年内保持稳定，即使是在室温(Carpenter and Chang 1996) ；然而，冻干配方的最佳溶液组成和工艺条件的研制远远超出了典型学术实验室的能力范围。一个主要的困难是大多数实验室中所用的冻干机通常没有控制样品温度的能力，不能达到低水平的残留水（如低于质量的1%~2%），而低水平的残留水是冻干产品长期保存活 …
阅读更多 »2024年诺贝尔化学奖之计算蛋白质设计
计算蛋白质设计（Computational Protein Design）是一种利用计算机算法来设计具有特定功能和结构的蛋白质分子的方法。该领域的目标是通过计算预测蛋白质的结构与功能关系，以设计出符合特定需求的全新蛋白质或优化已有蛋白质，应用广泛于药物开发、酶工程、生物材料等领域。 计算蛋白质设计的核心步骤 确定设计目标：首先明确蛋白质设计的目标，例如设计具 …
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