核酸基因

RNA 凝胶是用Northern 印迹的方法来分析RNA 。mRNA 大约只占总RNA 的5% ，在溴化乙锭染色的胶上看不到，因此mRNA 必须用标记探针来检测。 ＊样品制备 RNA 样品在电泳之前及电泳过程中必须是变性的，否则不能精确测定分子质量。变性是由甲醛与甲酰胺来完成的，也可用乙二醛和二甲亚砜或甲基苯（不推荐）。 MOPS 胶的样品缓冲液： 0.75 …

本方案介绍如何将合成的siRNA 有义链和反义链复性形成双链siRNA, 以及利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对双链siRNA 进行分析。 试剂 丙烯酰胺： 双丙烯酰胺（19 : 1, 40%, m/V)过硫酸铵( 10%, m/V) 复性缓冲液（10 X ) 2‘ 脱保护缓冲液[100 mmol/L 乙酸，用四甲基乙二胺( TEMED) 调整pH …

Northern 杂交可以揭示小RNA 的表达水平，同时也可揭示小RNA 的长度，并且是小RNA 验证和定量的标准。然而， Northern 杂交不能用来检测低丰度小RNA, 也不能检测大量的小RNA 种类。相比之下，定量RT-PCR 更加敏感并且可以适用于高通量处理（图1) 。 图1 小RNA 定量RT-PCR 分析流程图。 试剂 mirVana miRN …

本方案描述了将ASO 转入果蝇S2 细胞以便抑制miRNA 功能的方法。通过检测miRNA靶蛋白水平或miRNA 靶基因3UTR 报道基因的活性，可以检测ASO 对miRNA 的效应。本方案是针对24 孔板设计的，若用其他多孔板、培养瓶或不同直径培养皿，应根据其表面积计算细胞密度和试剂体积 。 试剂 ASO （ 12.5μmol/L ) 和错配和/或无关对照 …

离心方法主要有两种：制备型（用来分离某些颗粒）和分析型（用来了解分离颗粒的物理性质）。 分子或细胞生物学实验室中所作的决大多数离心机属于制备型离心机，而多数常规制备型离心是差速离心。 g 力和每分钟旋转次数(rpm) 是大略的值：取决于所用的离心机型号和转子。 差速离心（沉淀） 原理：样品在一定速度下离心，分成上清部分与沉淀部分。样品根据沉降速度不同得到分离 …

一、Real-time qPCR定量方法 可以分为绝对定量和相对定量。 绝对定量是用一系列已知浓度的标准品制作标准曲线，在相同的条件下目的基因测得的荧光信号量同标准曲线进行比较，从而得到目的基因的量。该标准品可以是纯化的质粒DNA，体外转录的RNA，或者是体外合成的ssDNA。 相对定量可以分为比较Ct法和其他一些相对方法。比较Ct指的是通过与内参基因Ct值 …

对每个基因设计并检测两到四个siRNA序列 为了找到潜在靶位点，扫描靶基因中的AA序列。记录每个AA 3’端19个核苷酸作为潜在siRNA靶位点。潜在靶位点需通过GENBANK数据库的BLAST分析，去除那些与其它基因明显同源的靶位点。如果可能，siRNA应根据mRNA低二级结构的区域设计。 选择低GC含量的siRNA 纯化体外转录siRNA 在转染前要确认 …

PCR PCR是很多科研者进入实验室做的第一个分子实验，名字听起来很高级，其实操作起来流程还是比较清晰明了，容易上手。聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction），简称PCR，用于放大特定的DNA片段，也可看作生物体外的特殊DNA复制。其中使用的Taq酶是1976年从温泉中的细菌分离出来的。它的特性在于能耐高温，是一个很理想的酶。PC …

siRNA表达载体构建可以：（1）作为后基因组时代基因功能分析的有力工具；（2）应用于基因组学、细胞信号传导通路分析；（3）用于药物靶点筛选、疾病治疗。 实验方法原理: 多数的siRNA表达载体依赖三种RNA聚合酶III 启动子(pol III)中的一种，操纵一段小的发夹RNA(short hairpinRNA, shRNA)在哺乳动物细胞中的表达。这三类启 …

shRNA转染后，进行RT-PCR的最佳时间取决于多种因素，包括细胞类型、转染效率、shRNA的表达和目标基因的降解速度。一般来说，在转染后的24到72小时内进行RT-PCR是比较常见的时间点。具体来说： 24小时后：在这个时间点，可以开始检测到shRNA的表达以及目标基因的初步下调情况。对于一些高效的shRNA，这个时间点可能已经有显著的基因沉默效果。 4 …