核酸基因

对每个基因设计并检测两到四个siRNA序列 为了找到潜在靶位点，扫描靶基因中的AA序列。记录每个AA 3’端19个核苷酸作为潜在siRNA靶位点。潜在靶位点需通过GENBANK数据库的BLAST分析，去除那些与其它基因明显同源的靶位点。如果可能，siRNA应根据mRNA低二级结构的区域设计。 选择低GC含量的siRNA 纯化体外转录siRNA 在转染前要确认 …

推荐用6 ％丙烯酰胺、非梯度胶为起点。可使用两种胶：一种在相对短的时间获得较短的寡核苷酸信息；另一种是用较长时间以使较长的寡核苷酸得到最大限度的分离。这两种凝胶分离过程，采用6 ％丙烯酰胺，可以从一套测序反应中获得300~350 个碱基的序列信息。另一种可选的方案是使用两种不同浓度的胶，使较短片段和较长片段的寡核苷酸得到最大限度的分离。 材料 盛于喷射洗瓶的 …

RNA 降解是非常严重的问题，在RNA提取过程中，为防止降解我们需要遵守以下4点基本规则：基本规则1. 把所有接触RNA 的塑料制品以及玻璃制品都高压灭菌。 2. 用于RNA 缓冲液的所有水都要经DEPC 处理。加DEPC 到终浓度0.1% ，再室温放放置过夜，或者灭菌15 min 。DEPC 不能用于Tris 缓冲液，因为DEPC 将会降解成乙醇和二氧化碳 …

该方案是一种通过用含有dsRNA 的培养液浸泡果蝇S2 细胞来诱导RNA 干扰的简便方法。与转染方法相比，浸泡操作需要的步骤更少，因此可用于高通量的RNA 干扰筛选。而且， 浸泡避免了转染试剂可能带来的毒性，但是，通过浸泡向果蝇S2 细胞转运dsRNA 的效率与转染方法相比较低。对于通过浸泡dsRNA 难以抑制其表达的基因，可以通过多次转染dsRNA 获得抑 …

乙醇沉淀RNA通常RNA 可以像DNA 一样沉淀。步骤1. 加入1/10 体积1 mol/L 的NaOAc (pH4. 8) 和2.5 倍体积冷的95 ％的乙醇。2.-20 ℃ 下沉淀过夜。3. 用70 ％的乙醇洗涤沉淀。注意：当你处理少量RNA 的时候（低于5 μg) ，在RNA 沉淀之前加入一些载体或者共沉淀物，这类物质将帮助沉淀RNA, 更容易看见沉淀 …

RNA干扰（RNAi），即用20多个核苷 酸组成的短的双链RNA（siRNA）代替传统反义核酸进行转录后基因沉默，已经迅速而广泛地应用到基因功能，基因表达调控机制研究等热门领域，并为基因 治疗开辟了新的途径。近两年来，这方面的科学论文及报道爆炸性增长，几乎每天都有新的结果涌现。这些论文中，出现了很多与RNA干扰相关的概念，意思很相 近但并不完全相同，这里列举 …

问题 可能的原因 解决办法 四条泳道同一个位置都有条带，特别是靠近引物的地方 DNA 模板不纯 观察对照DNA 是否存在同样问题，如果不存在，重新制备模板DNA 试剂不纯或试剂老化；dNTP量不足 准备新鲜试剂 DNA 聚合酶活性低 使用新鲜制备的酶。 加入更多的酶，如每个反应多加4 倍。使用前再稀释酶． 将标记反应缩减至2 min, 将T7DNA 聚合酶从 …

从细菌中分离DNA 需要依赖SDS 和蛋白酶K 以裂解细胞。高分子质量的DNA 需要剪切（以减少它的黏性，更适合操作），用酚和氯仿提取，再用异丙醇提纯。该方案可以分离到长度为3 0 ~ 80kb 的DNA 。 试剂 乙酸铣( 5mol/L ） 细菌培养基(≥l.5mL) 培养基需要在剧烈振荡中过夜。 氯仿 乙醇(70%, 95%) 异丙醇 氯化钠( 5mol …

1. 首先确定模板RNA完整性好，无DNA污染。 2. RNA模板中不应含有扩增反应抑制剂。 3. 为了防止模板降解，在反应体系中加入RNase抑制剂RNasin。 4. 使用适量的模板RNA，模板量太多会降低特异性，太少会导致扩增不出条带或条带太弱。 5. 若模板中有二级结构，可通过提高逆转录反应温度来提高扩增效果。 6. 设计引物时，避免在引物3’端含有 …

双脱氧测序法速度快。引物的复性和测序可以在60~90 min 内完成。可以同时制备大量的单链或双链测序样品。如果用35 S标记的dNTP 测序，这种方法可以提供极好的（电泳）条带的分辨率。其主要缺点是模板的组成或二级结构有时会导致测序过早地终止。虽然和Klenow 片段相比，有其他的聚合酶可以减轻这个问题，但有些DNA 序列还是无法用双脱氧法精确地测出来。 …