SDS-PAGE电泳求助专题

SDS-PAGE电泳是实验室比较常用的一个实验,关于SDS-PAGE电泳的一些代表性问题,现集中整理一下以供大家参考指正。

2
聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)
聚丙烯酰胺凝胶,是由丙烯酰胺单体(Acr)和少量的交联剂N,Nˊ-甲叉双丙烯酰胺(Bis)在催化剂(过硫酸胺或核黄素)和加速剂(N, N,NˊNˊ-四甲基乙二胺)的作用下聚合交联成的三维网状结构的凝胶。以此凝胶为支持物的电泳称聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)。
PAGE根据其有无浓缩效应,分为连续系统和不连续系统两大类。前者电泳体系中缓冲液pH及凝胶浓度相同,带电颗粒在电场中的泳动主要靠电荷和分子筛效应;后者电泳体系中缓冲液离子成分、、凝胶浓度及电位梯度是不连续的,带电颗粒在电场中的泳动不仅主要靠电荷和分子筛效应,还有浓缩效应。PAGE所具有的分子筛效应、浓缩效应和电荷效应大大提高了蛋白的分辨率。
SDS-PAGE电泳的基本原理
SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳,是在聚丙烯酰胺凝胶系统中引进SDS(十二烷基硫酸钠), SDS能断裂分子内和分子间氢键,破坏蛋白质的二级和三级结构,强还原剂能使半胱氨酸之间的二硫键断裂,蛋白质在一定浓度的含有强还原剂的SDS溶液中,与SDS分子按比例结合,形成带负电荷的SDS-蛋白质复合物,这种复合物由于结合大量的SDS,使蛋白质丧失了原有的电荷状态形成仅保持原有分子大小为特征的负离子团块,从而降低或消除了各种蛋白质分子之间天然的电荷差异,由于SDS与蛋白质的结合是按重量成比例的,因此在进行电泳时,蛋白质分子的迁移速度取决于分子大小。当分子量在15KD到200KD之间时,蛋白质的迁移率和分子量的对数呈线性关系,符合下式:logMW=K-bX,式中:MW为分子量,X为迁移率,k、b均为常数,若将已知分子量的标准蛋白质的迁移率对分子量对数作图,可获得一条标准曲线,未知蛋白质在相同条件下进行电泳,根据它的电泳迁移率即可在标准曲线上求得分子量。具有机械性能好、化学性能稳定、灵敏度好、分辨率高的优点。PAGE应用十分广泛,可用于蛋白质、酶、核酸等生物分子的分离、定性、定量和少量制备,还可测定分子量和等电点等。

1
胶缓冲液系统的配制
在SDS-PAGE不连续电泳中,制胶缓冲液使用的是Tris-HCL缓冲系统,浓缩胶是pH6.7,分离胶pH8.9;而电泳缓冲液使用的Tris-甘氨酸缓冲系统。蛋白在浓缩胶浓缩为一狭窄的区带。当样品进入分离胶后,泳动速率增加,直接紧随氯离子之后,同时由于分离胶孔径的缩小,在电场的作用下,蛋白分子根据其固有的带电性和分子大小进行分离。
所以,pH对整个反应体系的影响是至关重要的,实验中在排除其他因素之后仍不能很好解决问题的情况,应首要考虑该因素。
丙烯酰胺与为蛋白质电泳提供载体,其凝固的好坏直接关系到电泳成功与否,与促凝剂及环境密切相关;TEMED与AP加速聚丙烯酰胺的凝固;十二烷基硫酸钠(SDS):阳离子去污剂,作用有四:去蛋白质电荷、解离蛋白质之间的氢键、取消蛋白分子内的疏水作用、去多肽折叠。

凝胶配制
根据凝胶配方和分离蛋白的需要配制聚丙烯酰胺凝胶。待凝胶在室温凝固后,可在室温下放置一段时间使用。忌即配即用或4度冰箱放置,前者易导致凝固不充分,后者可导致SDS结晶。一般凝胶可在室温下保存4天,SDS可水解聚丙烯酰胺。聚丙烯酰胺的充分聚合,可提高凝胶的分辨率。

样品处理
根据样品分离目的不同,主要有三种处理方法:还原SDS处理、非还原SDS处理、带有烷基化作用的还原SDS处理。
1、还原SDS处理:在上样buffer中加入SDS和DTT(或Beta巯基乙醇)后,蛋白质构象被解离,电荷被中和,形成SDS与蛋白相结合的分子,在电泳中,只根据分子量来分离。一般电泳均按这种方式处理,样品稀释适当浓度,加入上样Buffer,离心,沸水煮5min,再离心加样。
2、带有烷基化作用的还原SDS处理:碘乙酸胺的烷基化作用可以很好的并经久牢固的保护SH基团,得到较窄的谱带;另碘乙酸胺可捕集过量的DTT,而防止银染时的纹理现象。100ul样品缓冲液中10ul 20%的碘乙酸胺,并在室温保温30min。
3、非还原SDS处理:生理体液、血清、尿素等样品,一般只用1%SDS沸水中煮3min,未加还原剂,因而蛋白折叠未被破坏,不可作为测定分子量来使用。

3

蛋白质染色
电泳后蛋白质染色目前常用的是考马斯亮蓝法,其比氨基黑染色法灵敏度高,可以进行定量扫描,比银染法简便。
常见问题及处理办法
1:拖尾现象
主要是样品融解效果不佳或分离胶浓度过大引起的。
处理办法:加样前离心;选择适当的样品缓冲液,加适量样品促溶剂;电泳缓冲液时间过长,重新配制;降低凝胶浓度。
2:“微笑”(两边翘起中间凹下)形带
主要是由于凝胶的中间部分凝固不均匀所致,多出现于较厚的凝胶中。
处理办法:待其充分凝固再作后续实验。
3:“皱眉”(两边向下中间鼓起)形带
主要出现在蛋白质垂直电泳槽中,一般是两板之间的底部间隙气泡未排除干净。
处理办法:可在两板间加入适量缓冲液,以排除气泡。
4:电泳的条带很粗
电泳中条带很粗是常见的事,主要是未浓缩好的原因。
处理办法:适当增加浓缩胶的长度;保证浓缩胶贮液的pH正确(6.7);适当降低电压;为
5: “鬼带”,如何处理?
“鬼带”就是在跑大分子构象复杂的蛋白质分子时,常会出现在泳道顶端(有时在浓缩胶中)的一些大分子未知条带或加样孔底部有沉淀,主要由于还原剂在加热的过程中被氧化而失去活性,致使原来被解离的蛋白质分子重新折叠结合和亚基重新缔合,聚合成大分子,其分子量要比目标条带大,有时不能进入分离胶。但它却于目标条带有相同的免疫学活性,在WB反应中可见其能与目标条带对应的抗体作用。
处理办法:在加热煮沸后,再添加适量的DTT或Beta巯基乙醇,以补充不足的还原剂;或可加适量EDTA来阻止还原剂的氧化。

5
6:电泳电压很高而电流却很低
这种现象一般初学者易出现。比如电压50v以上,可电流却在5mA以下。主要是由于电泳槽没有正确装配,电流未形成通路。包括:a.内外槽装反;b.外槽液过少;c.电泳槽底部的绝缘体未去掉(比如倒胶用的橡胶皮)。
处理办法:电泳槽正确装配即可。
7:出现纹理现象
主要是样品不溶性颗粒引起的。
处理办法:加样前离心;加适量样品促溶剂。
8:溴酚蓝不能起到指示作用
我们在实验中常会遇到溴酚蓝已跑出板底,但蛋白质却还未跑下来的现象。主要与缓冲液和分离胶的浓度有关。
处理办法:更换正确pH值的Buffer;降低分离胶的浓度。
9:浓缩胶与分离胶断裂、板间有气泡
A:这主要出现在初学者中,一般对电泳不会有太大的影响。前者主要原因是拔梳子用力不均匀或过猛所致;后者是由于在解除制胶的夹子后,板未压紧而致空气进入引起的。
处理办法:按正确的操作方法操作。

扫描右侧二维码,随时阅读沟通。

推荐

western-blot实验影响因素有哪些?

1.    …

一条评论

  1. 文章的帮助挺大。有个小问题,SDS应该是阴离子去污剂吧?

发表评论

您的电子邮箱地址不会被公开。 必填项已用*标注