色谱 与DNA 和RNA 一样,蛋白质可以进行常规的分离,或者用色谱法来分离。主要用的色谱法是凝胶过滤、 离子交换层析和亲和层析。 1. 凝胶过滤,基于分子的大小对物质进行分离。 工作原理:固定相中包含有很多的孔,只有较小的分子才可以进入。 填料:葡聚糖(交联右旋糖苷)、Sephacryl (烯丙基葡聚糖和N, N-亚甲双丙烯酰胺 …
阅读更多 »限制酶和DNA 甲基化酶
限制酶特异性地结合于一段被称为限制酶识别序列的特殊DNA 序列之内或其附近的特异位点上,井在此切割双链DNA 。它可分3 类,分别是第一型(Type I)、第二型(Type II)及第三型(Type III)。 I 类和Ⅲ类限制酶在同一蛋白质分子中兼有修饰(甲基化)作用及依赖于ATP 的限制(切割)活性。Ⅲ类限制酶在识别位点上切割DNA ,然后从底物上解离。 …
阅读更多 »揭秘RNAi,缔造实验神话
用siRNA进行transient transfection不稳定,几代细胞以后,症状就会消失,所以在转染几天(1-3)后要立刻抽提蛋白,进行分析。 用质粒中的shRNA进行转染,如果质粒含有抗生素位点,可以进行筛选,获得较稳定的细胞株系,但需要时间较长 用病毒中的shRNA进行感染(infection),抗生素筛选后,可以获得很稳定细胞株系。 瞬时RNAi …
阅读更多 »造成western-blot发光时发生荧光淬灭的因素有哪些?
荧光淬灭是Western Blot发光时常见的现象,即加ECL发光液后立刻可以看到很明显的亮光,但亮光很快就消逝了,压完片后条带却很弱,甚至没有条带,发生这种情况的原因可能有以下几个方面: 1. 抗体浓度太高,局部过多的HRP会快速消耗底物,导致荧光信号过强,条带呈灼烧样。可降低抗体上样量。 2. 抗体浓度太低,荧光信号太弱,可能第一次压片能够获得很弱的条带 …
阅读更多 »如何提高qPCR反应的灵敏度与特异性?
1. 首先确定模板RNA完整性好,无DNA污染。 2. RNA模板中不应含有扩增反应抑制剂。 3. 为了防止模板降解,在反应体系中加入RNase抑制剂RNasin。 4. 使用适量的模板RNA,模板量太多会降低特异性,太少会导致扩增不出条带或条带太弱。 5. 若模板中有二级结构,可通过提高逆转录反应温度来提高扩增效果。 6. 设计引物时,避免在引物3’端含有 …
阅读更多 »RNA 凝胶电泳注意事项
RNA 凝胶是用Northern 印迹的方法来分析RNA 。mRNA 大约只占总RNA 的5% ,在溴化乙锭染色的胶上看不到,因此mRNA 必须用标记探针来检测。 *样品制备 RNA 样品在电泳之前及电泳过程中必须是变性的,否则不能精确测定分子质量。变性是由甲醛与甲酰胺来完成的,也可用乙二醛和二甲亚砜或甲基苯(不推荐)。 MOPS 胶的样品缓冲液: 0.75 …
阅读更多 »DNA 序列测定——化学(Maxam-Gilbert) 测序法
在Maxam 和Gilbert 发展的DNA 化学测序法(1977, 1980) 中,碱基专一性化学试剂在一种或两种特定核苷酸位置上随机断裂已纯化的3’端或5′ 端标记的DNA, 产生4 套寡聚脱氧核糖核苷酸。因为只有末端标记的DNA 片段才能在测序胶的放射自显影图中显示出来,所以只能观察到含有固定末端的片段,这样就产生了4 列DNA …
阅读更多 »mRNA的分离
mRNA 在细胞总RNA 中占较小的比例,大量的是核糖体RNA。真核生物的mRNA分离方法利用了大多数mRNA 存在多聚腺苷酸尾巴(有一些mRNA 没有多聚腺苷酸的尾巴)。Poly(A) RNA 可以结合在有多聚寡核苷酸(dT) 的树脂上,在高盐的条件下寡聚胸苷酸-纤维素可以结合PolgA-mRNA, 在低盐的情况下洗脱。这种方法可以批量或者在一个小柱子上操 …
阅读更多 »DNA 序列测定——双脱氧( Sanger ) 测序法
双脱氧法或酶法利用DNA 聚合酶合成单链DNA 模板的互补拷贝,这一方法最先由F. Sanger 及其合作者发展而来。DNA 聚合酶不能起始DNA 链的合成,而是在复性于“模板“DNA 的引物的3 ‘端上进行链的延伸(图1) 。链的延伸是在引物生长端的3′ 羟基掺入脱氧核糖核苷酸。双脱氧测序法利用了DNA 聚合酶能以2′, …
阅读更多 »RNA的种类
dsRNAdsRNA 即双链RNA , 是由两条互补链复性形成的RNA 分子,可以被Dicer 酶切割形成siRNA 。 Endo-siRNAEndo-siRNA 即内源性小干扰RNA (siRNA) ,是一类存在于几乎所有真核生物中的小干扰RNA 分子。 exo-siRNAexo-siRNA 即外源性小干扰RNA (siRNA) ,是指通过体内或者体外技术 …
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