核酸基因

在用 qPCR验证shRNA敲除效率 时，引物设计是非常关键的一步。你提到要“设计在靶标附近”，这个思路是对的，但还需要进一步明确几个关键点。 理解shRNA的作用机制： shRNA经过加工后变成siRNA，通过RNA干扰机制（RNAi），引导RISC复合体结合并切割目标mRNA。 切割点通常位于shRNA的互补区域中间（即靶序列中心）。 qPCR引物设计的 …

shRNA转染后，进行RT-PCR的最佳时间取决于多种因素，包括细胞类型、转染效率、shRNA的表达和目标基因的降解速度。一般来说，在转染后的24到72小时内进行RT-PCR是比较常见的时间点。具体来说： 24小时后：在这个时间点，可以开始检测到shRNA的表达以及目标基因的初步下调情况。对于一些高效的shRNA，这个时间点可能已经有显著的基因沉默效果。 4 …

慢病毒感染后未能实现敲降的原因可能有多种。以下是一些可能的原因及其解释： 慢病毒包装质量问题： 病毒滴度较低，导致感染效率不高，可能无法有效转导目标细胞。 病毒颗粒中没有足够的有效载体，影响敲降效果。 靶向序列设计问题： shRNA或sgRNA设计不合理，没有有效靶向目标基因的序列。 目标序列与基因组其他部位的相似性导致脱靶效应，影响敲降效果。 感染条件不佳 …

本方案描述了将ASO 转入果蝇S2 细胞以便抑制miRNA 功能的方法。通过检测miRNA靶蛋白水平或miRNA 靶基因3UTR 报道基因的活性，可以检测ASO 对miRNA 的效应。本方案是针对24 孔板设计的，若用其他多孔板、培养瓶或不同直径培养皿，应根据其表面积计算细胞密度和试剂体积 。 试剂 ASO （ 12.5μmol/L ) 和错配和/或无关对照 …

小量制备可以从细菌培养物中抽提和分析，离心机12 或16 管足够一次制备。 一、材料 5 ml 过夜培养细菌培养物。使用LB培养基加入合适的抗生素培养单克隆菌体，37’C 振荡培养 灭菌的微桩离心管 冰 溶液I （裂解缓冲液， 25 mmol/L Tr的HCI pH8.0, 50 mmol/L葡萄糖， 10 mmol/LEDTA) ，冰上预冷 溶 …

AMPK是细胞极为重要的能量感受器，当细胞处于能量匮乏的状态时AMPK会被激活，AMPK激活后可以磷酸化不同的下游底物从而促进分解代谢和抑制合成代谢，最终使细胞达到能量平衡状态。  UHRF1是至关重要的DNA甲基化调控因子，它参与DNA维持甲基化过程的功能已经研究的比较清楚。另外，还有研究表明UHRF1参与DNA的损伤修复。但除此之外，UHRF1是否能直接 …

该方案是一种通过用含有dsRNA 的培养液浸泡果蝇S2 细胞来诱导RNA 干扰的简便方法。与转染方法相比，浸泡操作需要的步骤更少，因此可用于高通量的RNA 干扰筛选。而且， 浸泡避免了转染试剂可能带来的毒性，但是，通过浸泡向果蝇S2 细胞转运dsRNA 的效率与转染方法相比较低。对于通过浸泡dsRNA 难以抑制其表达的基因，可以通过多次转染dsRNA 获得抑 …

转子主要有4 种类型：角式、外摆式、连续流式以及区带式。只有角式与外摆式转子是标准的实验室仪器，另外两种只用作专门用途。 角式转子 用途：样品浓缩。实验室中的“苦力” 。 说明：样品沿着与旋转平面成一定角度的方向离心。 优点：离心见效最快。物质具有更高的相对离心力，比在外摆式转子中沉降快。机器的活动组件少，损坏机会小。 缺点：物质被驱向离心管的管壁方向，然后 …

一．样品制备 1．PCR扩增并检测。根据不同的引物挑选适合的退火温度进行PCR扩增。扩增产物用2-2.5%的琼脂糖胶跑水平电泳检测，上样量3-5ul。PCR产物为10ng/nl左右为最佳。 2．PCR产物与变性buffer混合。在干净的PCR管底部加入5ul  SSCP上样缓冲液（变性缓冲液），然后在缓冲液中央加入PCR扩增产物。按照经验，扩增效果在琼脂糖胶 …

RNA提取原理 RNA提取时，加氯仿后分三层：水相(含rna,可能还有少量DNA），中间白色薄层（应该是蛋白和DNA），下层有机相（氯仿和蛋白等） 氯仿是分子量比较大的有机溶剂，在提取RNA时，氯仿可以有效的使有机相和无机相迅速分离。DNA提取过程 有机相中主要是酚和蛋白结合，从而使得蛋白和DNA脱离，DNA进入水相。但是在RNA的提取过程就要避免蛋白和DN …