英格恩生物技术博客 生物实验干货分享
在用 qPCR验证shRNA敲除效率 时，引物设计是非常关键的一步。你提到要“设计在靶标附近”，这个思路是对的，但还需要进一步明确几个关键点。 理解shRNA的作用机制： shRNA经过加工后变成siRNA，通过RNA干扰机制（RNAi），引导RISC复合体结合并切割目标mRNA。 切割点通常位于shRNA的互补区域中间（即靶序列中心）。 qPCR引物设计的 …
阅读更多 »体外转录法制备dsRNA
该方案是简单而且得到广泛应用的、利用PCR 模板制备双链RNA 的体外转录反应。该方法制备的dsRNA 可以用于在某些细胞或者组织中诱发RNA 干扰。 试剂 琼脂糖凝胶( 1 %)复性缓冲液( 10 X)ATP 、CTP 、GTP 、UTP （ 每种100mmol/L )二硫苏糖醇( DTT ) ( 1mol/L)DNA 分子质量标准dNTP 混合液，每种1 …
阅读更多 »从革兰氏阴性菌（如E.coli）中分离DNA
从细菌中分离DNA 需要依赖SDS 和蛋白酶K 以裂解细胞。高分子质量的DNA 需要剪切（以减少它的黏性，更适合操作），用酚和氯仿提取，再用异丙醇提纯。该方案可以分离到长度为3 0 ~ 80kb 的DNA 。 试剂 乙酸铣( 5mol/L ） 细菌培养基(≥l.5mL) 培养基需要在剧烈振荡中过夜。 氯仿 乙醇(70%, 95%) 异丙醇 氯化钠( 5mol …
阅读更多 »RNA 凝胶电泳注意事项
RNA 凝胶是用Northern 印迹的方法来分析RNA 。mRNA 大约只占总RNA 的5% ，在溴化乙锭染色的胶上看不到，因此mRNA 必须用标记探针来检测。 ＊样品制备 RNA 样品在电泳之前及电泳过程中必须是变性的，否则不能精确测定分子质量。变性是由甲醛与甲酰胺来完成的，也可用乙二醛和二甲亚砜或甲基苯（不推荐）。 MOPS 胶的样品缓冲液： 0.75 …
阅读更多 »利用有机溶剂分离纯化高分子质量DNA
分子克隆最基础的操作可能就是核酸纯化了。去除蛋白质的关键步骤经常是简单地利用酚：氯仿和氯仿把DNA 从水相中萃取出来。这种萃取可在进行一步法克隆操作前有效灭活和去除蛋白酶。然而，如果是从复杂分子混合物如细胞裂解液中纯化DNA 时，则需要更多的检测。在这些情况下， 一般是在用有机溶剂萃取前，利用蛋白质水解酶如链霉菌蛋白酶或蛋白酶K （表1 ) 去除大部分蛋白质 …
阅读更多 »如何评估Real-time qPCR定量检测？
一、Real-time qPCR定量方法 可以分为绝对定量和相对定量。 绝对定量是用一系列已知浓度的标准品制作标准曲线，在相同的条件下目的基因测得的荧光信号量同标准曲线进行比较，从而得到目的基因的量。该标准品可以是纯化的质粒DNA，体外转录的RNA，或者是体外合成的ssDNA。 相对定量可以分为比较Ct法和其他一些相对方法。比较Ct指的是通过与内参基因Ct值 …
阅读更多 »师姐真传的一些引物设计技巧（师姐比师兄靠谱）
实验室小白遇上引物设计，一片迷茫，不知所措。 师姐：现在常用的的引物设计软件有Oligo、PrimerPremier、DNA man等等，还有在线引物设计软件。咱实验室的软件给你拿去。 （师姐比师兄靠谱，真的是手把手的教了，边操作边讲解。） 1. 在NCBI上搜索到该基因，找到该基因的mRNA，在CDS选项中，找到编码区所在位置，在下面的origin中 …
阅读更多 »验证shRNA敲除qPCR引物如何设计在靶标附近
在用 qPCR验证shRNA敲除效率 时，引物设计是非常关键的一步。你提到要“设计在靶标附近”，这个思路是对的，但还需要进一步明确几个关键点。 理解shRNA的作用机制： shRNA经过加工后变成siRNA，通过RNA干扰机制（RNAi），引导RISC复合体结合并切割目标mRNA。 切割点通常位于shRNA的互补区域中间（即靶序列中心）。 qPCR引物设计的 …
阅读更多 »Trizol法提取总RNA的流程
1.样品处理： 培养细胞：收获细胞1~5×107，加入1ml Trizol（异硫氰酸胍/酚）（在冰箱旁边取出白细胞即刻加入Trizol），混匀；用1ml注射器反复抽取（约30次）以破裂细胞及剪切DNA，室温静置5min（使核酸蛋白复合物完全分离）。 组织：取50~100mg组织（新鲜或-70℃及液氮中保存的组织均可）置5ml EP管中，加入1ml Trizo …
阅读更多 »ChIP超详细实验步骤
ChIP的一般流程： 甲醛处理细胞—收集细胞，超声破碎—加入目的蛋白的抗体，与靶蛋白-DNA复合物相互结合—加入ProteinA，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，并沉淀—对沉淀下来的复合物进行清洗，除去一些非特异性结合—洗脱，得到富集的靶蛋白-DNA复合物—解交联，纯化富集的DNA-片断 …
阅读更多 »