已经把miRNA转染到了SW480细胞中，用来抑制RUNX1的表达，从而抑制细胞行为。已经通过WB验证了转染三天后RUNX1受到了抑制。现在的问题是应该在转染三天后消化细胞再做划痕实验，还是先种板做划痕再进行转染。

我的建议：

通常来说，如果你想研究miRNA对划痕愈合（细胞迁移）的影响，建议先进行miRNA转染，等待足够的时间让miRNA发挥作用（你提到的是三天），然后再进行划痕实验。这可以确保在进行划痕实验时，RUNX1已经被下调，迁移实验所观察到的结果是由RUNX1抑制所导致的。

但如果你担心转染后细胞的粘附性不好或者转染效率不高，也可以先进行划痕实验，让细胞在板上贴附并形成单层细胞，再在划痕后立即进行转染。不过这种方式技术上会更具挑战性，因为转染本身可能会快速影响细胞行为。

总结：

更推荐的方式是先转染，等三天后细胞消化并重新铺板，再进行划痕实验，以确保RUNX1抑制的效果已经确立。