蛋白质结构预测(Protein Structure Prediction)是一项利用计算方法预测蛋白质分子的三维结构的技术。由于蛋白质的功能很大程度上依赖于其三维结构,预测其结构对理解生物过程、药物设计等领域具有重要意义。然而,实验确定蛋白质结构(如X射线晶体学、核磁共振等方法)耗时费力,因此计算预测成为重要替代方法。 蛋白质结构预测的主要方法 同源建模(H …
阅读更多 »western-blot实验成功要点
1. 样品质量。所抽取样品的蛋白含量,蛋白变性是否充分等等,还有,蛋白样品的PH值是否在7~8之间。这会直接影响到样品浓缩的效果。此外,蛋白样品是否降解、目的蛋白是否已抽取充分都会对最终结果的可靠性有影响。 2. 凝胶质量。不连续SDS-PAGE胶对凝胶的 …
阅读更多 »启动子甲基化调控的miR-148a-3p通过靶向MAP3K9抑制肺腺癌的进展
非小细胞肺癌(NSCLC)占各种肺癌的85%。肺腺癌(LUAD)是NSCLC的主要亚型,其特点是高转移和高死亡率。NSCLC患者的低生存率主要是由于远处转移,占癌症相关死亡的90%。尽管许多治疗策略已经得到应用,但NSCLC的预后仍令人不太满意。缺乏适当的生物标志物和准确的治疗目标以及化疗药物的毒性导致了肺癌的疗效不佳。因此,探索LUAD发生和发展的分子机制 …
阅读更多 »碱变性法提取质粒DNA
质粒DNA提取的方法很多,有碱变性法、羟基磷灰石柱层析法、溴化乙锭 – 氯化铯梯度超离心法等。本次实验是一种小量快速提取法。小量快速提取法也有多种,但基本原理和步骤是一致的.包括以下步骤:(1)裂解菌体细胞;(2)质粒和染色体DNA的分离;(3)除去蛋白质。RNA及其他影响限制性酶活性的细胞成分;(4)除去提取过程中使用的去垢剂、盐等。 一、原理 …
阅读更多 »去除去污剂的可行性
去除去污剂的可行性(根据Harlow 和Lane 1988) 离子型去污剂 用分子筛G25 柱子进行凝胶过滤,对于一些蛋白质来说,用低于临界微团浓度的另一种去污剂来平衡柱子。 加入8 mol/L 的尿素, 然后把去污剂加到离子交换柱上,让蛋白质在8 mol/L 的尿素中流动,再透析去除尿素。 对于离子型的去污剂,有一个相对较低的微粒大小和较高的临界微团浓度, …
阅读更多 »如何做好western-blot实验
1. 样品质量。所抽取样品的蛋白含量,蛋白变性是否充分等等,还有,蛋白样品的PH值是否在7~8之间。这会直接影响到样品浓缩的效果。此外,蛋白样品是否降解、目的蛋白是否已抽取充分都会对最终结果的可靠性有影响。 2. 凝胶质量。不连续SDS-PAGE胶对凝胶的 …
阅读更多 »RNAi、miRNA及siRNA的区别和联系
RNA干扰 (RNAi):近年来的研究表明,将与mRNA对应的正义RNA和反义RNA组成的双链RNA(dsRNA)导入细胞,可以使mRNA发生特异性的降解,导致其相应的基因沉默。这种转录后基因沉默机制(post-transcriptional gene silencing, PTGS)被称为RNA干扰(RNAi)。 MicroRNA(miRNA,微RNA): …
阅读更多 »体外转录法制备dsRNA
该方案是简单而且得到广泛应用的、利用PCR 模板制备双链RNA 的体外转录反应。该方法制备的dsRNA 可以用于在某些细胞或者组织中诱发RNA 干扰。 试剂 琼脂糖凝胶( 1 %)复性缓冲液( 10 X)ATP 、CTP 、GTP 、UTP ( 每种100mmol/L )二硫苏糖醇( DTT ) ( 1mol/L)DNA 分子质量标准dNTP 混合液,每种1 …
阅读更多 »western-blot化学发光为什么会出现高背景?
做Western Blot发光实验经常有“背景太高”问题的出现,要弄清楚“背景太高”的原因,先要知道“背景”是什么,“背景”也是发光,影响发光的因素就会影响背景。 影响发光的因素主要有:1.含HRP的抗体;2.发光试剂;3.和发光试剂反应的杂质,如含杂质的膜。这里面,在很短时间内曝 …
阅读更多 »蛋白质的水平测定-含有去污剂的情况
去污剂是蛋白质生命的一部分,用于细胞裂解以及变性蛋白质,但是去污剂会干扰蛋白质水平和蛋白质功能的测定。 要测定含有去污剂的样品中蛋白质的水平,可以有两个选择: 标准曲线的测定中包括相同比例的去污剂。得到一个准确的定量是必须的。去污剂会影响标准曲线的线性读数,你可以稀释样品到线性范围,但是对于低浓度的蛋白质样品这个方法不可行。 用可以带有去污剂的蛋白质测量方法 …
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英格恩生物技术博客 生物实验干货分享