英格恩生物技术博客 生物实验干货分享
《Nature》最新报道了癌症和生殖系中的 TOP1 转录相关诱变。突变情况由许多过程塑造，基因区域易受突变影响，但同时受到转录偶联修复的保护。在微生物中，转录诱变产生影响，但在高等真核生物中的影响仍有待确定。ID4 -a，指的是转录相关的诱变导致一种癌症相关的插入 – 缺失 突变特征，发生短片段（2 到 5 个碱基对）的缺失 。哺乳动物中的缺陷 …
阅读更多 »2024年诺贝尔化学奖之计算蛋白质设计
计算蛋白质设计（Computational Protein Design）是一种利用计算机算法来设计具有特定功能和结构的蛋白质分子的方法。该领域的目标是通过计算预测蛋白质的结构与功能关系，以设计出符合特定需求的全新蛋白质或优化已有蛋白质，应用广泛于药物开发、酶工程、生物材料等领域。 计算蛋白质设计的核心步骤 确定设计目标：首先明确蛋白质设计的目标，例如设计具 …
阅读更多 »明天课题组开例会，已经开始焦虑了怎么办？
大部分课题组都有例会的规定，学生每周都需要轮流向课题组汇报自己的实验进展，还没有开展实验的学生就汇报文献。导师通常是非常忙碌的，这个时候是学生得到他们关注的宝贵时刻。 课题组例会传统的形式：一名实验室成员会就他们的研究发表演讲，而其他人则会提出问题并给予反馈。在这个过程中，对导师来说可能很有趣和令人兴奋。但实际上，除了演讲者和导师，很少有人参与讨论。 不得不 …
阅读更多 »Green先生的科研生活手记(2)
原创文章，转载请注明出处。 第二天，我兴冲冲地找到导师，告诉他有新的基因敲除的方法，还没等我说完，导师直接打断我， “你试了多少方法了，买了多少试剂了？这种方法，我怎么没有听说过？，不要瞎尝试了，你的时间不多了，看你毕不了业怎么办？！ 我冷汗都下来了。 回想三年前，我从南方一所三本院校考上这所著名的研究所，面试时老师也是如此严厉，我也是冷汗直流。 话说我本科 …
阅读更多 »移植猪心脏一周后成功下地代表了什么?
代表了全球器官移植的巨大缺口有望被填补，需要器官移植的病人能重获生机。现阶段，只有不到百分之一的人在长期等待后能获得器官移植，剩下大部分的病人只能以各种痛苦的方式继续煎熬。如果这项技术成熟，将会使我们用更少的资源挽救更多的人。 现在，这位器官接受者已经度过了最 …
阅读更多 »2024诺贝尔化学奖得主David Baker和他的Rosetta模型
Rosetta模型是一套用于蛋白质结构预测、分子对接和设计的计算工具集，由2024年诺贝尔化学奖得主，华盛顿大学David Baker教授的实验室开发。Rosetta最初被设计用于蛋白质结构预测，但如今已发展成一套多功能的平台，被广泛应用于蛋白质折叠、蛋白质-蛋白质和蛋白质-小分子相互作用、以及新蛋白质设计等领域。 Rosetta模型的核心功能 1.蛋白质 …
阅读更多 »Green先生的科研生活手记(4)
原创文章，转载请注明出处。 孩童的无知无畏 苏格拉底说，“孩子在成人眼里是幼稚的，而成人在上帝眼里也是幼稚的”。 我想说，对生命科学的了解越多，我越觉得自己的浅薄无知，对生命也越敬畏。这也是我对生命科学研究爱恨交织的原因。 对大自然，或者生命，我们必须有非常敬畏的态度，生命不是稍纵即逝的感受，而是永恒的，虽然我们每个个体只能经历其中一小段。我们必须非常小心谨 …
阅读更多 »志愿者们主动感染新冠，会发生什么?
英国的研究人员近期发布了一项史无前例的研究结果，在该研究中，健康的年轻志愿者故意感染了大流行冠状病毒的早期毒株。正如预期，没有一个参与者得了重病，科学家们密切跟踪他们的症状，并对感染期间 SARS-CoV-2 水平和症状从头到尾如何变化提出了独特的见解。 图片来自：参考文献 这项最初的“人类挑战”研究的成功为未来测试 COVID-19 治疗、疫苗和病毒变体提 …
阅读更多 »差点失去的硕士学位，被女友拯救了（二）
原创文章，转载请注明出处。 正当我兴致勃勃准备去找导师说试剂的事，舍长突然来电了。 “喂，你搁哪儿呢，快来园艺学院201，急事，特急！”还没等我说好，电话就被挂了。 这语气听起来倒是挺急的，我也不耽误，赶紧去救我舍长于水火之中。 毕竟，明早还得仰仗他给我带早饭呢。 火速蹬着自行车到了园艺楼，跨步上了楼梯，冲到201门口：“舍长，我来了!“ “快，来帮我整死这 …
阅读更多 »2024诺贝尔化学奖之蛋白质结构预测
蛋白质结构预测（Protein Structure Prediction）是一项利用计算方法预测蛋白质分子的三维结构的技术。由于蛋白质的功能很大程度上依赖于其三维结构，预测其结构对理解生物过程、药物设计等领域具有重要意义。然而，实验确定蛋白质结构（如X射线晶体学、核磁共振等方法）耗时费力，因此计算预测成为重要替代方法。 蛋白质结构预测的主要方法 同源建模（H …
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